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康熙十四年形势王辅臣兵变后，由于陕甘地区的西部战场最为接近清廷京师北京，因此迅速平灭西北地区的紧张局势就成了康熙案头上的头等大事。康熙十四年（公元年）正月，王辅臣在平凉的起兵标志着清廷对其的招抚正式失败，武力便成了平定西北局势的唯一解决方法。
秦州北接平凉，南接汉中，东达关山，西通巩昌，历来便是陕甘要道。自秦州，东走清水，过关山、陇州，可达平凉；西走伏羌，过通渭，再过静宁州，也可达平凉。当时的秦州是在四川的吴军王屏藩部与陕甘王辅臣军联络的重要枢纽，若清军夺取秦州，便可切断吴、王两军的联系，在战局上握有主动权。据此，清廷中央和康熙都认为，“欲平陕西诸寇，必先取秦州”，定下了先取秦州的战略目标。
秦州地图清代的秦州是甘肃大城，城池坚固、易守难攻，于是康熙先遣都统海尔图率兵护送红衣大炮至秦州城下。康熙十四年（公元年）三月初四日，清廷定西大将军、多罗贝勒董鄂率满汉八旗并绿营兵两万多人进抵秦州，随即便将城池包围。
当时城中的王辅臣部守军有一万余人，在清军围城一个多月后，四月二十日吴三桂大将王屏藩、吴之茂等人自汉中、平凉率兵一万多人来救援秦州。王屏藩等人率军从外攻击清军大营，城中的总兵陈万策闻讯也立马组织兵丁八千多人冲出城外，同城外吴军内外夹击清军，意图一举打破清军围困。但终究事与愿违，面对夹击，清军选择分道迎击，一边将王屏藩部击退，一边将陈万策部逼迫回城中。
三藩之变西北战场不过此战清军虽奋战力胜，但是却也损失惨重。据战后统计，此次战役清廷共有护军参领衔瑚什塔、鄂善、前锋参领波累、阿宁阿，骑都尉博卓洛等四十三名满蒙八旗军官阵亡。是整个三藩之变战争中，清廷八旗军官阵亡最多的一场战役，整个三藩战场中也唯有永兴战役、海澄战役以及秦州战役成建制消灭满清八旗军。在四月二十日的破围战后，城内外吴军又多次企图破围，但是相比较于清军，秦州城内外的吴军损失更加惨重，因此多次进攻仍然击退不了清军。
此后，清、吴双方都无力再发动大规模战斗，战场局势转为对峙，并各自请求援军。就当时秦州城下态势而言，谁首先获得援军，谁就能掌握秦州战场的主动权，进而影响整个西北战局。不过最终战争的胜利天平最终来到了清军这边，此时在巩昌协助甘肃提督张勇围城的甘肃总兵孙思克（明叛将孙得功之孙）在接到董鄂的求援后，率所部绿营兵马两千人星夜兼程赶赴秦州，最终抢在吴军援兵之前抵达秦州城下同董鄂部会和。
影视剧中的绿营兵原来在董鄂率军发起收复秦州的战役之时，远在北京的康熙也密檄张勇、王进宝等人率绿营兵“前后夹攻”。于是，张勇亲自统兵下河州、洮州,围攻重镇巩昌；王进宝率兵克临洮府，恢复金县、安定县，进攻兰州，败敌入城；陈福自宁夏南下会同蒙古兵恢复花马池、定边、砖井、安边等地；孙思克则奉命防御河套蒙古骚扰，并协助张勇攻取巩昌。因此孙思克在接到董鄂的调令后，得以快速进至秦州城下。
秦州城中的总兵陈万策等人自四月二十日一战后，早已被清军打的肝胆俱裂、不堪再战；来援的王屏藩部又被清军重重隔绝、不得音讯。而孙思克率领的清军援军则成了压垮骆驼最后一根稻草，陈万策见城中士兵士气低落、不愿再战；秦州城又被董鄂部围困两月有余，物资匮乏，城内已无力守城，因此在无奈之下只得遣人向孙思克投降。在得到董鄂允许之后，陈万策最终在闰五月三十日，率城中兵民出城投降，原秦州知州巴三纲不愿降清率部逃走，作为援军的王屏藩等人在听闻秦州已降后也相继率兵退走。
秦州地图攻取秦州后，董鄂又遣“振武将军”佛尼勒、内大臣坤巴图鲁、总兵孙思克追击吴军，在礼县、西和等地，和吴军多次交战，都将吴军击败，一举收复了秦州附近的礼县、清水、伏羌、西和等县城。上文说过在清军围攻秦州的前后，康熙也分遣张勇等人分道攻取兰州、巩昌等西北各地。在这一年的（清康熙十四年、公元年）五月，就在清吴双方对峙于秦州之时，清军西宁总兵王进宝也率部包围了兰州。
兰州，政治上是甘肃省会，地理上则有“河西五郡咽喉”之称。王进宝率部进抵城下后，当即对兰州城进行了猛烈的攻击，城中守军则不停死守，并不时遣兵突击城外，但都被清军打的退回城中，不过经过多次阻击，清军方面损失也颇为惨重，但在王进宝等人严令下仍继续围城。此后，城中守军先支撑不住，造木筏百余只，企图偷渡黄河撤走。但是，此事事先为王进宝侦知，他沿兰州城外黄河岸边布置伏兵，等到城内吴军出城时突然发动伏击，一举将吴军击回城内。此战过后，城中吴军再也无力守城。王进宝和布政按察使伊图适时遣人至城下招降城内守军。允诺只要吴军出城投降，将城内军民赦免一切罪过。城中吴军总兵赵士升和原任布政使成额走投无路之下，被迫放弃抵抗，于当年（清康熙十四年、公元年）六月二十七日率城中文武官员和士卒五千余人出城投降清军，至此兰州平定。
甘肃地图巩昌方面，自孙思克率兵支援秦州之后，张勇就独自率一军围困巩昌。当时王辅臣以巩昌地理位置尤为重要，特遣副将任国治率兵马三千从巩昌东门进入城中助守。得到支援之后，巩昌守城总兵陈科、郑元经当即率兵丁六千从巩昌四门分出，冲击清军大营。张勇指挥清军，顽强阻击，双方战成一团。最终陈科等人不敌张勇所部清军，再次退回城内，双方恢复为对峙状态，不过随着秦州被清军攻陷，巩昌局势也渐渐不利于城内守军起来。
六月二十五日，孙思克和安西将军穆占在在扫清秦州的吴军后，来援巩昌。此时城中守军见清军云集城下更加没有战意。城外的张勇等人获知了这一情况之后，派遣已经投降的陈万策等人进城劝降，并宣谕康熙的赦免诏书。最终陈科等人接受招抚，于六月二十五日率城中马步兵四千九百、民兵五千六百、百姓十三万五千人出城投降，继秦州及礼县、清水、伏羌、西和诸州县相继被清军夺回之后，巩昌也落入清军手中。
兰州、巩昌两战的胜利巩固了秦州之战的胜利，清军也由此完成了西北战场第一阶段的战略目标，战局开始朝着有利于清军的态势方面发展。
